このジレンマというのは三層式になって、LPFはなくなってもUVカットフィルターとIRカットフィルターはいるので、フィルターと素子間にゴミが入るという問題は相変わらず存在するという話でしょうか？
それともそもそもゴミ問題のことでしょうか？

ゴミ問題は、最前列のフィルターを揺らすなり（Canon方式）、専用のガラスを揺らすなり（Olympus方式)はして欲しいですね。
完璧ではないにしろ、静電気を抑えた程度よりは効果があるようですから。