D40の方がかなり彩度もコントラストも強くでており、ノイズの目立ちやすい
仕上げですので(RAW前提と考えた場合)直で比べてもどうかなーと思います。

フォトショップがCS以降であれば「カラーの適用」又は、彩度とコントラストを
調整してD2HのカラーをD40にあわせてみてください。テーブルや鉛筆削りの左の
物体のカラーノイズには可也の差がでます。(カラーノイズが濃く、強く出てい
るところのディテールが消失する)

まあ、それでもその後ノイズの処理をしてしまえば、画素数の差なのか、S/N比
の差なのか分からない程度ですけど。