跳ね上がりますよ。
製造工程は単純に2倍になりますが、2回露光の特性がある程度揃わないと、パーツとして機能しないので、歩留まりが恐ろしく低下します。露光回数が2倍になったら、歩留まりは半分以下じゃないでしょうか。
EOS1Ds の3回露光なんて、ほとんど奇跡の産物でしょうね。

で、製造原価ですけど、大量販売の工業製品の場合、一般的に工場出荷価格は定価の50%前後ですから、CCD や CMOS 1枚にかけられるコストなんて、タカが知れています。
最後の定価付きだった D70 が15万円でしたから、出荷価格は7万5千円として、これから広告宣伝費や労働賃金まで差し引いて黒字を出そうと思ったら、パーツの総額なんて2〜3万円くらいじゃないでしょうか。そんな中で、1枚数千円の CCD の歩留まりが半分になったら、とんでもないことになってしまいます。