わかって書いているのかもしれませんが、フランジバックとバックフォーカスとは違いますよ。
フランジバックだけを比較すれば、EFマウントはFマウントよりも短いわけですが、利用可能な最小バックフォーカスは、Fマウントの方が短いのではないかと思います。
フランジ面からボディ側への突出量をどれだけとれるかは、公開されている情報が無いので比較しようがありませんが、
Fマウントの場合比較的突出量が大きいレンズがごろごろしているのに対し、EFレンズの場合、フランジ面から突出した
レンズはほとんどみかけないですね。

このことから考えると、EF-Sというのは、バックフォーカスを短く取れないというEFレンズの制約から仕方なく作られた
のではないかと思うほどです。

まぁキヤノンの規格については詳しくないので勝手な想像ではありますが。