そうです。EFマウントとFマウントのフランジバック差は2.5mmですが、Fマウント
レンズのフランジ面からの突出量は、長いレンズでは9mm近くにもなります。
これに対して、EFレンズのフランジ面からの突出量は、私が知る限りでは5mm程度
しかありません(実測したわけではありませんが)。そうなると、Fマウントレンズ
の方が、1.5mm程度はバックフォーカスを短く取れるのではないかと。

そう考える理由のもうひとつが、EFマウントのボディにFマウントのアダプタ
リングをつけた場合でも、ごく一部のレンズでミラーに当たったり、ミラーボッ
クスに傷がついたりする例がある、と言われる点です。このことは、近代
インターナショナルのマウントアダプタのページに注意書きでも記されています。

http://www.kindai-inc.co.jp/mount_nikeos.htm

さすがに、Fマウント用として販売されるレンズが、Fマウントのボディでミラー
に当たることは考えられませんよね。ところがキヤノン機ではミラーに当たる
ことがある、と。以上から考えられることは、バックフォーカス長に限定する
ならEFレンズよりもFマウントレンズの方がより短くできる(すなわち、ミラー
クリアランスはFマウントボディの方が大きくとってある)という結論になります。

もともと、ニコンのSLRのミラーはフィルム時代から、EF-S対応のキヤノン機でいう
「スイングバック」機構に近いデュアルリンク機構が採用されていますし、
ミラークリアランスを大き目にとってあったように思います。
だからこそニコンは18-200や17-55といった設計の難しいレンズをミラーと
干渉することなく設計できたのでしょう。


EF-Sレンズが過ちであったかどうかは正直興味ありません(キヤノンボディは
持っていませんから、直接の利害関係がありませんので)が、
ただそもそもEFマウントが、Fマウントと比較するとバックフォーカスを
短く取れないという制約を持っている、という想像がもし正しいのであれば、
EFマウントと互換性を失うような形でEF-Sレンズを導入するのは
仕方なかったのだろうな、と思います。