私の勝手な解釈ですが

ミラーアップ撮影の方は
AF精度がよい
長時間露光が必要な場合に、熱ノイズを避けられる
（レリーズしてから通電するので、より使用時間が長くなる）

ライブビューは、
常に通電しているので、長時間露光には向かない
リアルタイムAFに向くが、精度はよくない
拡大してピントを合わせると精度はよいが、MFとなり時間がかかる

そんなところではないかと

M-UPの使い方としては、
星野写真のように長時間露光する場合
静物でAFを使って撮る

ライブビューでの撮影は
スナップでコンデジ感覚で撮る
より静音で撮りたい場合
MFでじっくりピントを合わせて撮る

というような使い分けなのかなぁ　と想像します