たしかにEOS以後のキヤノンの互換性に対する気配りは大きいでしょう。
ソフトの無量アップグレードやセンサーの無料清掃もしかり・・・
でも、ニコンだってイベント的に無料機材点検とかやっており、
その時はセンサークリーニングも無料です（台数限定はあるけど）

バッテリーの非互換は、D1系からD2系での変更を言っているのでしょうか？
これは、圧倒的な使いやすさの改善があるから、むしろ有難かったくらい。
できれば、D1系に使えるリチウムイオンを出して欲しいけど、それは無理か？
EN-EL3eについては、残量の正確な表示や模造品対策というメリットもあり、
しかも新しい電池は古い機種に使える訳で、消耗品と考えればいのでは？
私はD100からD200にスイッチしましたが、それまでD100で使っていた電池が
へたっていた事もあり、新規にEN-EL3eを買い足すのに抵抗はなかったです。
もっとも、省電力なD100/70だと予備に1個あれば充分だったけど、同じように
運用しようとすれば、D200だと予備が5~6個必要で、それまで持っていた
EN-EL3が流用できたとしても大勢に影響はなかったし・・・
同様にメディアについても、600万画素のD70から1000万画素のD80に
スイッチするなら、それまでの倍くらいの容量が必要になり、結局は
買い増しが必要になるし、D70当時のCFの倍以上の容量のSDが同等か
少し安く売っているので、そんなに大騒ぎする必要はないと感じていました。
（それまで買った20数万円分のCFが無駄になると困っている人が居たけど）
私はむしろ、この夏にCFを買い足す時に抵抗を感じたくらいです。

以前のニコンはフィルター径もほとんどを52mmと62mm、72mmに揃えて
いましたが、最近は58mmがあったり（今は現行でないでs）67mm、77mmと
増えているしリモコンやACアダプターなど、互換性に無頓着な部分も
見受けられるようになってきましたね。
クールピクスのコンバーションレンズも当初は28mm径にこだわってたのに
いつのまにかバラバラだし、旧製品用のアクセサリーもすぐに廃版になるなど
我々が抱いている「互換性」は幻想になってきているのかもしれません。