フルサイズ(fxといわないとだめかな)だと、ミラーが大きくなるのでローパスと
CMOSの距離が取れないという問題があるのですが、D3ではかなり工夫を入れて
いるみたいです。

たとえばシャッターユニットの写真を見るとわかりますが
http://www.photo-cafe.jp/scoop/archives/20070907/mecha_01_l.jpg
ミラーの後端がかかる部分を切り欠いているのがわかると思います。
つまりシャッター前枠分の厚ささえも節約しようとしているわけです。

F6と比較してもペンタミラーの位置が上がっているところも、ミラーとシャッター
位置の見直しをした影響なんじゃないかと思っています。