初めまして。田尾と申します。
この現象は、実画像やサムネイル画像は回転させずに、Exif だけを書き換えていることに起因するのかもしれません。
この方式であれば、画像処理ソフト側から見れば実画像を劣化させずに簡単に扱えますから。

Windows 2000SP4 の当方環境で確認したところ、
Adobe Photoshop Elements 3.0 本体と CameraRaw Plug-In、
Nikon Capture 4.4 では回転が反映されて表示されました。

逆に、OLYMPUS CAMEDIA Master 2.0、GIMP 2.2 では回転が反映されずに表示されました。
CAMEDIA 2.0 はインストールしているだけですし、
GIMP 2.2 はトリミングとJPEG 圧縮にしか使っていないため、
実用上の問題は無いと判断しました。

「一部の他社ソフト等」を具体的に列挙して頂けると、一層有用な情報になるのではないでしょうか。