上にも書いたとおり、WindowsXP の Explorer、Picture and Fax Viewer、それから Internet Explorer で回転表示できないのが一番困りますね。
画像ファイルを探すのに、一々 ViewNX を起動するわけではないですから。それから NEF ファイルを回転させたときにも、同様に反映されないので、こればかりは他のツールを使うこともできず、お手上げです。
Nikon View では JPEG ロスレス回転できたし、8ピクセルの倍数になっていないファイルは、警告も出してくれたのに困ったものです。
その他のアプリケーションとしては、私が Web 用画像の作成などに使っている MET’S の PhotoCrew です。これは Exif ファイルを読み込んでも、それを無視して画像の処理を行い、Exif なしで出力してくれるので、重宝しているのですが。