技術的な問題以外で考えてみると、次のような妄想が浮かびます。

キヤノンはイメージセンサを含め、主要部品を自社内で開発・生産できる体制のため
かなり無理が利きやすい体制ではないでしょうか。
つまり、イメージセンサを作る半導体事業部門としては赤字が必至というような製品でも
会社全体では大きくプラスになるか将来へ向けての妥当な戦略ということになれば
手掛けることにはまったく問題無し。
イメージセンサの事業部門がいくら楯突いても、社長がやれと言えば、ね？（笑）

一方、ニコンの場合、イメージセンサを自社では作っていませんので
フルサイズのイメージセンサが欲しければ、例えば某S社（笑）を
何とか説得しなければなりません。
＃既に製品化されているK社や元PのD社のものを使えば・・・というのは
　S社と比べると性能とコストの面で選択肢に入らないでしょうね。
某S社としては、元々ベースになる製品を持っていたわけではありませんので
必要となるリソースも相当なものです。（人、製造設備、ハンドリング装置、検査装置・・・）
開発に動くためにはしっかりと利益が出るという確証が必要になりますので
それなりの札束で引っ叩かれるか（or相当な生産数量の確約）、確実に数量が出そうという
納得のできる証拠を見せられるかしないととても動けないでしょうね。

そういう意味では、EOS 5Dがあの値段でも結構な数量が出たというのが
商売になりそうだという確証になったのではないかと思います。
事前に開発試作ぐらいしていたと思いますが、5Dの市場での結果が出てから
まじめに量産立ち上げの準備に入ったのだとすれば、D3が今頃になったのも
説明が付きそうな。