大丈夫です。けど、スピードライトをレンズに取り付けるためのリング状のアダプタにも秘密？があって、あれが制御用赤外光をストロボに効率良く伝えるための導光路になってるんです。だから、レンズの下につけたりしても、全く平気なんです。その取り付けリングへ最もよく通信光を配するようにコマンダーが設計されています。

逆に言えば、ホットシューからはずすと逆に通信光が届きにくくなる可能性が出てくるかもしれないということです。