私も今朝方、同じレンズとボディーの組み合わせで似たような状況を撮ってみましたが、問題なく中央部にピンは来ています。
シングルフォーカスポイントを選択すると、上部の液晶表示は中央一点のみが表示されます。これはフォーカスモードを表示しているだけで、選んだフォーカスポイントを表示しません。一方、背面液晶には、選んだポイントが表示されます。
知らないうちにセレクターに触れて、ポイント位置が変わっていても、上部の液晶には中央一点しか表示されないので、そのまま撮ると合焦位置が違ってしまいます。
私も初めのうち、これに気づかず、微妙にはずしました。５１点あると左右に１つ２つずれていても気が付かなかったりしてます(苦笑)。