私の場合　両方欲しい（必要）なので
結局Ｄ３とＤ３００　両方買ってしまうと思います。

頑張って買えるのなら　二コンＤ３の方が良いと思います。
二コンＤ３００は、後から必要なら追加で買えば良いのでは？
撮影対象がＡＰＳの1.5倍が無いと困るかどうかですね。
私は、自衛隊の基地祭によく行くので　ＡＰＳ機は必要です。
でも
二コンＤ３は、撮像素子を大きくし画素数を増やさなかった事により
１画素あたりの画素ピッチを大きく余裕を持たせました。
二コンＨＰより抜粋
「ひとつの画素サイズを大きくすることで1画素あたりが取り込める光の量を増やし、非常に高いS/N比、広いダイナミックレンジを確保しています。」
これを高く評価してます。

初代Ｄ１・Ｄ２Ｈ・Ｄ２ＸとＤ１桁シリーズを使ってきたので
使ってる感触の良さ　逃れられないですね（笑）

あと　噂では、二コンＤ３　古いレンズをお持ちの方は、
古いレンズでも画質が向上するらしいです。