ニコンのマルチパターン測光は極端に明るい部分をオミットするので
スプリットによって露出値に影響が出る事は少ないと思います。
というか、測光系はD3とあまり変わらないハズのF6用の
スクリーンですから、それほど露出に影響があると困りますね。
同様にAWBも画面の平均値や測光用の1,005分割RGBセンサーを
利用しているので、それほど問題がないように思います。
（それ以前にD3のAWBって変なクセがあって使いづらいです）
3DトラッキングAFにかんしては対象物がスプリット部を横切ると
見失ったりするするかもしれないので、ノーマルのスクリーンに
戻した方が良さそうですね。