ノギスでは測定できないくらいの微少な厚みの差があるということですね。
それなら焦点深度のシビアな広角レンズでピンのズレが出るのに納得です。

私個人としては、厳密なピントが欲しい場合はフォーカスエイドを使うので、
現状でも実写結果からは「実用上問題ない」と感じていますが、F6用の
方眼スクリーンを入手したら、D3と一緒に知り合いの修理業者に持っていって
コリメーターでピント調整するようにします。