どちらもAF-SレンズですのでD40/D40Xどちらでも使用には問題はないです。
別にカメラとレンズのランクの違いを気にする必要はないでしょう。
迷っているなら,高感度に強くシンクロの速いD40の方をおすすめします。
（D40は社外ストロボを使えばフルスピードシンクロが可能です）
Ａ3くらいの大伸ばしが多いなら、画素数の多いD40Xもいいかもしれないけど
それなら、もう少し奮発してD80を買った方がいいような気がします。

いずれにしても、ボディ単体と18-50mmキットの価格差が少ないので
キットで買う事をオススメします。
（キットの18-50mmは小型軽量で写りもいいです）