D40とD40Xを直接比較した事はないのですがD40Xと同じ画素数のD200から
想像するに、D40とD40Xの最低感度におけるダイナミックレンジは
ほぼ等しいと考えていいでしょう。
ISO100でも充分なら画素数が多い＝解像度の高いD40Xが有利でしょう。
でも、薄暗い状況でD40なら同じダイナミックレンジで一段高い感度が得られ
シャッタースピードが一段高速が使える（もしくは一段暗いレンズが使える）
ので、絵柄にもよりますが360dpiでのA4出力ならD40の600万画素からリサイズでも
充分な解像度はあるので、D40の方が有利だと考えます。

リモコンについては南風さんのおっしゃる通りです。
リモコンを向けるのは、正確にはグリップの赤三角下にある受光部になるので
カメラの後に立っていても、グリップ部にリモコンを向ける事で操作は可能です。

セルフタイマーは、２・５・１０・２０秒が選べますが、レリ−スごとに
単写にリセットされるので、その都度再セットが必要になります。
ミラーショックはほとんど意識しなくてもよいくらい小さいです。

小型軽量というのでしたらニコン機ならD40／D40Xですが
KissDxとの比較なら、D80も候補に入りそうです。
とにかく軽く！というのでしたら、オリンパスのE-410があります。
でも、高感度特性の優れるD40が、私の一番のオススメかな？