キヤノンの600万画素機はCMOS、ニコンのD40/D40XはCCDなので、原理的には
CCDのニコン機の方がレタッチ耐性は強そうですが、画像エンジンの性能なども
関係してくるので一概には言えませんね。
あと、D40とD40Xの違いは単に画素数だけでなく読み込み方式がプログレッシブか
インターレースかの違いもあり、D40はプログレッシブなので画面に太陽を
入れるような撮影をするならスミアやブルーミングが盛大に出るので不向きです。
レタッチ耐性の観点からはD40が優位だと思いますが、太陽を撮るならD40Xが、
リモコンの使用も考慮に入れるなら、100g重いけどD40Xと同じセンサーのD80が
良さそうです。（レンズはキットの18-55mmが軽量ですが描写はいいです）

ただ、問題なのはD40Xの生産が完了＝来月にも後継機が発表されそうで、
そうなるとD40Xの上級機かつ発売年次の早いD80も後継機にスイッチしそう。
おそらく、D3／D300に準じた画質のチューニングやダストリダクションが
付加されるのだと思いますが、ひょっとしたらD300と同じCMOSを搭載しての
ライブビューを搭載してくる可能性まであります。
あとキットの18-55mmがVR付きになってレンズの構成枚数が増えるので、
重くなって逆光耐性が落ちるという可能性があります。
後継が発表になっても、すぐに従来機が買えなくなるという訳でもなく逆に
在庫処分モードになって安くなるでしょうから、今は「待ち」かも知れません。