私の場合、SB-800が動作不良になり、ニコンに持ち込むと
接点汚れといわれ清掃のみで返却、以後も正常に作動しています。
また、D40でも特定のレンズで動作が不安定になり
（この時は自分で接点を掃除したけどハッキリとは改善せず）
やはりニコンの見解は接点汚れで、この時は点検してもらったら
ショット数が多いので念のためにシャッターの交換をした方がいいと
いわれたので、ついでにメイン基板の交換も依頼しました。

デジタル一眼の場合、さまざまな電気信号をマウント部の接点で
やりとりしており、ちょっとした汚れでもトラブルの原因になるので
カメラ内部でも、コネクターやハンダ部のわずかな接触不良が
トラブルの原因になるということは充分考えられます。
あと、バッテリー容量が少ない時は不安定になりそうなので、
鳥待ちなど長時間待機する時は満充電して予備も用意したいですね。

接点を清掃しても症状が出るなら、修理や交換が必要でしょう。