私はマックなんですが、G5 2GHzDUAL メモリ4GBで充分に使えています。
撮影枚数やどういった処理をするかで随分要求スペックは違ってきますが
PEN4 3.2GB メモリ2GBなら、特に問題はないでしょう。
というか、D3はフルサイズといえども1200万画素なのでファイルサイズは
D2XやD300と同等でD200の2割増しなので、それほど気にする必要はないです。
使いながら、不満が出て来たら考えるというスタンスでいいと思います。
（メモリーは４GBに増設した方がいいかもしれません）
ただ、キャプチャーNXはニコンキャプチャーよりもパッチ機能が退化しており
大量のRAWの処理には厳しいかも？
（私はRAW処理はフォトショップのCameraRAWを使っています）
PCのスペックアップよりもAdobeRGB対応のモニター導入を考えた方がいいと思います。