何となくですが基板まわりの接触不良ではないでしょうか？
・暖まる→膨張する→ちゃんと接触する。
・寒い→収縮する→接触不良になる。
おそらくニコンのサービスさんでも仕事する時間内はエアコン効いてるだろうし
基板の動作確認する治具がある場所も同じ様な物でしょう。
またおそらく目視で確認できるような大きさではないでしょうし。
それで現象確認出来ないのかも知れませんね。

発生する条件をメモして詳しく伝えた方が良いと思います。
もしかすると暖かくなって発生しなくなり放っておくと
保証期間が過ぎてしまったりするので、早めに出した方が良いですね。

次はちゃんと治ると良いですね。