というのともちょっと違うように思います。

http://bbs.kakaku.com/bbs/00490711094/SortID=7485816/?Reload=%8C%9F%8D%F5&SearchWord=AF+%83t%83%8A%81%5B%83Y&LQ=AF+%83t%83%8A%81%5B%83Y

こちらも参考になるかと思いますが、
AFの素子の１個の面積が小さくなったからといっても、普通はAF（モーター）は駆動するはずです。あくまであわせにくい（従来でいえば、AFが行ったり来たりしてあわない）というところ止まりのはずですが、D3やD300のAFはあわせにも行かない。
トリガーをいくら半押しや、全押しにしてもモーターが駆動しません。
もし、AFのエリアが小さくなったというだけならとりあえずあわせに行こうとしてAFが行ったり来たりをするはずです。
それがたまに全く反応しなくなるんです。

素子の面積というよりはAFのアルゴリズムに原因があるような気がします。

僕も何度かAFが動かなくなることを経験しています。
1つ隣のAFポイントで同じ場所を狙うと簡単にAFが合ったりします。
そのAFポイントが壊れているというわけではなく次の瞬間にはさっきAF出来なかったポイントでも問題なくAF出来ますし。
51点のAFポイントの中にランダムで動かないポイントが隠されている感じになります。

調子がいいときは、D300のAFは周辺部でも充分な精度を持っているんですが、このAFのフリーズに当るとかなりタチが悪いです。