ダンクスさん

上のレスにも書きましたが、「ＡＦフリーズ」の定義があいまいで、それがこの問題をややこしくしていますね。
多くの報告例のうち、（私的な考察では）次のように分類できると思います

1）仕様や特性を勘違い、使いこなしていないもの
2）バグ的なもの（ＡＦフリーズ？）
3）通信不良（ボディーレンズ接点の不良、キヤノンのerr99に相当か）
4）単純な故障

ダンクスさんの症状だとかなりの「重症」でいわゆる「ＡＦフリーズ」と別の原因があるかもと思いました。
（バグ的な動作も絡んでいる可能性はありますが）
キヤノンのerr99と同じような復帰方法なので3）の通信不良の可能性はないですか？
接点を清掃するか、それでも出るのならやはりニコンＳＳに持ち込んだほうが良いような気がします。