5DとD3って画素ピッチはほぼ同じで設計年次の差の分D3が僅かに優位でしょう。
でも、画質差よりもカメラ部の基礎体力の差の方が大きいと感じています。
（写りには関係ないけど、写欲の刺激という面では個人差が出そうです）
もし、5D後継機が1200万画素のままで出てくれば画質ではD3を凌駕しそうだし、
噂されているように1700万画素程度で出たとしても充分に匹敵しそう。
いずれにせよ、実用上は必要充分以上の高感度特性だと考えていいでしょう。

むしろ、画素ピッチでは不利なD300やKissX2の健闘を称えるべきなのでは？
望遠撮影の場合、使用機材の重さや被写界深度まで考慮すると、
D3に500mmF4よりも、D300に300mmF2.8の方が良さそうな気さえしています。
（同様に、KissX2の技術がフィードバックされた40D後継機も気になります）

ただ、Ai以降のオールドニッコールが本来の画角で使え、かつ広画素ピッチで
要求解像度が低く旧レンズにたいする懐の深いとは言えそうです。
（広角系は周辺画質の厳しいモノも散見されますが）