たしかに、昔スタジオでnewF-1なんかで大型ストロボを使う時に
ホットシューがビリビリしていた事を思い出しました。
（マミヤRBなんかカメラのどこ触ってもビリビリしていましたが）
でも、最近のホットシューカバーの付いているカメラの多くは
シンクロコネクターのない機種が多いので、やっぱり主目的は
接点部の保護なんだと思います。

D3の取説でも「フラッシュ取り付け部の写り込みを防止したり、
接点を保護するため・・」と書かれています。
でも「カメラを雨の中で使用すると、付属のアクセサリーシューカバー
BS-2内に水分が入り込む場合があります」ってあり保護もそれなり？

記憶が不確かですが、オリンパスのOM10やペンタックスのMEsuperあたりが
ホットシューカバーを付属したカメラの元祖だと思います。
ま、それほど高価なモノでもないですし、接点保護が気になるなら
買って付けておくのも悪くはないでしょう。