サンプルをあげてご返信いただきながら、
返答が遅れてすみません。
この比較を見ると、JPEGの方は、たとえNR OFFという設定であっても、
カラーノイズを低減するNRが施されているようですね。
また、おっしゃる通り、RAW以前の段階でも、
それとは別のNRが入っているはずで、
つまり、すくなくとも2段階以上のNRが入っているために、
高感度でNRをまったくかけていない画像というのは、見ることができないんですね。
これは、高感度化の技術のひとつが複数の段階でのNRである以上、
当然のことだと思います。

で、NRのかけかたの度合いが、D3/D700はD300よりも控えめで、
より解像感を残す方向にチューニングされている。
逆に言えば、D300は、おそらく常用感度を高めに設定するために
高感度では、解像感を犠牲にしてでも初めから強めのNRがかけられている。
わたしが言いたかったのは、その点でした。

ちなみに、ニコンはキャノンよりも
高感度でのカラーノイズの除去に関しては徹底しており、
輝度ノイズ（おっしゃるところの粒状ノイズ）は出る傾向があるようです。
これは、センサーの素性によるところもあるでしょうし、
「ノイズ処理と解像感」に対する考え方の違いも反映されているのでしょう。