ご返信をいただきまして有難う御座いました。

確かに、「4画素を1ピクセルにしていたので．．．」という話は聞いた事があります。

ウィキペディア（Wikipedia）で確認したところ、「ニコンはデジタルカメラ市場の開拓時にD1を投入するために、高価でもプロの使用に耐える高級機を販売し、量産効果に合わせて少しずつ普及価格帯に下りていく戦略をとった。搭載CCD自体は10.8メガピクセルを備えていたが、感度や画質や速度を優先し4画素を1画素として出力していたため有効画素数は2.6メガピクセルと低くなっていた。しかし新聞に掲載するには必要十分な解像度だったこと、ISO1600という高感度撮影が可能だったことから報道機関を中心に普及した。」と説明されています。
有効画素数が2.6メガピクセルと書かれていますが、これがそのまま実質的な画素数に等しいかどうかは不明ですが、しっとりとして落ち着いた画質はD100よりも美しいと感じました。

当時のCCDはノイズ特性や高感度特性が不十分でかつ非常に高価でしたが、ニコンは業務用アナログハイビジョンカメラで培った技術を活用して、複数画素をまとめて処理することでこれらの問題を解決してD1を市場に投入することが出来たということが下記に述べられています。
http://f2f4d1x.at.webry.info/200610/article_9.html

このような背景を考慮すると、D1の画素数をD100以降の実質的な画素数と同様な計算方法で表示することは不適当だと判断しましたので、新しい表を添付させていただきます。

貴重なご指摘をいただきまして有難う御座いました。