CF と違って、入出力インタフェースを内部に持たない SD の場合、使用するファイルシステムによってアクセスする手順が決まってしまいますから、FAT32 が一般的でなかった時代に作られた SD は、上限 2GB にせざるを得ないし、exFAT なんて存在すらしていなかった時代に SDHC の上限は 32GB にするしかないのは必然ですね。
NTFS は基本的にリムーバブルを前提としていないし、Windows で利用できないファイルシステムにするのは、もっと現実的ではないでしょう。