私の場合もAF機はEOSからの移行だったこともあり、F5導入から10年以上経た今でも
露出補正などでは、咄嗟に逆に回すことがあります。
最近はオリンパス機やソニー機の使用頻度が増えたので「なおさら」です。
（ニコンだけしか使わなくとも、慣れるのは難しいと思います）
カスタムで回転方向や表示を他社機と完全に一致できるならいいのですが、
中途半端にしか変えられず、それだと却って混乱するので、結局はデフォルトに
戻して「ニコンは逆」と唱えながら撮影しています。


スナップ撮影などで一番深刻なのは、ズームの回転方向だったりします。
その為、サードパーティではスペックや描写性能よりも、ズームの方向を
重視したレンズ選びになっていますし、ニコン純正でも旧24-120mmなど
逆回転のモノがあり，苦労した経験があります。
フォーカスにかんしては、MFを使う時は「じっくり向き合う」事が多いので
逆回転だからとチャンスを逃す事がなく、それほど重要視はしていません。