私は全くそうは思っていないのですが、ここではその議論は置いておいて、
同等の素子（APS-C）でのボディの短フランジ化のメリットがどれほどあるのか？ということを
提議したつもりです。

1、カメラを撮影道具とみるなら、あくまでレンズ込みで比べる必要がある
2、「ボディにレンズをめり込ませる」方式なら大きさ（全長）に差は出ない
3、一方でFマウント（と同じ形状）ならメリットは山ほどある（メーカーにもユーザーにも）

それに対してM-KEYさんの反論は
という部分でしょうか。

撮像面から46mmの所にある口径44mmがそれほどの制約になるでしょうか？
パナやソニーのレンズ構成図を見ても、特に当てはまるレンズはなさそうに見えます。
AF機構等の物理的制約は多少あっても解決できないものでもないでしょう。
この位置より撮像面側に3cmを超えるようなレンズが置かれるような設計は
絶対にないわけでないでしょうが、その不利な点というのは
大口径ＥＦマウントに対するＦマウント程度かそれ以下くらいのものじゃないですか？

空理空論ではなく、現実をみてもNEXやMフォーサーズのレンズで
Fマウントの口径がネックになるレンズはありますか？

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また1インチ（程度の）素子の新規格カメラを開発するとして
「AUTO110サイズに収めるのは無理」という主張も詳しく聞きたいです。

Ｆマウントの下位システムと割り切るなら、画質、機能、耐久性も
コンデジと一眼の中間あたりで良いわけです。
マウント交換可による厚さの増大はわずかでしょうし（ケンコーのレンズ交換式が参考になる）、
液晶、画像処理、記録部はコンデジに準じればいいでしょう。
シャッターはそれこそauto110を真似てもいいし、CCDなら電子シャッターもあるかな。
ニコンが実際にやるのかは懐疑的なのですが（APS-Cミラーレスよりかは遥かに有望と見てますが）
標準レンズで45mm、沈胴式ズームで55mmあたりなら、できそうかなと楽しい妄想をしています。