購入を考えているものなんですが，マイクロドライブとコンパクトフラッシュどちらも使えるようにカタログには書いてありますが，
マイクロドライブを使うときはコンパクトフラッシュを入れるところに
差し込むのですか？

そうです。
コンパクトフラッシュの規格にタイプIとタイプIIがあって
マイクロドライブはタイプIIに準拠しています。
タイプIIのほうが厚みがあります。
コンパクト機やカードリーダー、ＰＣカードアダプターの中には
タイプIにしか対応していないものがあるので注意が必要です。
タイプII対応ならタイプIも大丈夫です。