先日、Nikon Capture3を購入しました。
あれこれいじってみたのですがアンシャープマスクの設定だけが
上手くいきません。皆さんは適用量、半径、しきり値の
設定値はどのくらいで行っているのでしょうか？
また、その設定値は画像によって変えたりするのですか？
説明書を見るだけでは適用量、半径、しきり値の意味が掴みにくいですね。

私はNC3では輪郭強調を強にするくらいで、アンシャープマスクを設定することは少ないのですが（Photoshopが主です）、個人の好みもあるでしょうが、強めに掛けるときでも、適用量20％前後、半径10％前後、10レベル前後でしょうか。大抵それ以下です。
半径はあまりあげると絵が変わりますから気をつけたほうがいいようです。しきい値はどのくらい隣のドットと差があるときに強調するかの値ですので、少し上げてあげるとアンシャープマスクで浮き上がるノイズ成分を抑えることができます。100％表示で確認しながら作業すればそれぞれの効果がよくわかると思います。