今まで画像ビューアーに「ViX」を使ってたので気づかなかったのですが、
縦位置で撮影したデータを、ViXで「左回転＋保存」し、NV5で表示しても
回転されていませんでした。（サムネイル表示時）
ただし、サムネイル画像をダブルクリックして表示すると、
正常に（縦位置画像で）表示されます。
ちなみにPhotoshop等で開いても、正常に表示されます。

これってバグですよねぇ？
それとも私のPC環境が悪いのでしょうか？

サムネイル表示はファイル本体じゃなくてNV5のキャッシュを表示します。

NV5で回転処理した場合キャッシュも更新されるのでしょうが、他のソフトで処理した場合NV5はそれに気づく事が出来ません。
なので、サムネイル表示は元のままになってしまいます。

違うかな？

示しても
とのことですが、NV5の環境設定で実画像でサムネイルを作成にチェッ
クを入れても上記の症状が出るのならバグでしょうけれど、私の場合は
OKです。普通はExif_Jpeg内のサムネールを表示するので画像を変更更
新しても撮影時のサムネールで表示されます。実際に画像を開くと処理
された画像になります。

私は処理速度が遅くなるのでExifのサムネールのままで作業していま
す。

ご指摘ありがとうございます。
「実画像からサムネイルを作成する」にチェックを入れたら、
正常に表示されました。
しかし、チェックを入れると処理速度が非常に遅くなりますねぇ。
使い物にならないです...。

あと、JPGファイルにサムネイル画像が添付されているなんて、
初めて知りました。
サムネイル画像を閲覧／保存することのできるビューアーがあるのでしょうか。
ご存知でしたら、ご教授願えませんでしょうか。

”　私はExif内のサムネイルのままで作業していますが,その画像を変える
場合にはableCVというソフトを使っています。
http://member.nifty.ne.jp/h_c_yoda/ablecv/
　ただしこのようなソフトで変更するとNikon独自のExifデータが読めなく
なります。基本的なデータ（撮影日時など）は残っていますが。

ニコンのNV5とNC3を使用して画像処理をしている場合には必要ない
と思います。”

正確には、JPEG（JFIF規格）にはサムネイルは無いのですが、
Exifという規格にはサムネイル画像が含まれます。また、D1Xや
D100には2種類のサムネイル画像がありまして、1つはExif規格
用のもの、もう1つは本体の液晶画面で表示させるものです。

Exif規格では、サムネイルがJPEG形式で160x120ピクセルが推奨
されていて、DCF規格では必ずJPEG形式で160x120ピクセルの画像
サイズを使うこと定められており、いずれも横位置の画像である
ため、画像を回転させても通常はサムネイルを回転させないソフ
トが多いです。

あと、撮影した画像を回転させるだけでも通常は再保存するため
画像が劣化します。そこで、IJGのLoss-less JPEG rotationを
使って、レスが無いJPEGの画像回転ができるソフトがいくつか公
開されていますので紹介します。

・Rota
http://www.ba.wakwak.com/~tsuruzoh/Computer/Soft/Rota/readme.html
・DPEx
http://www.rysys.co.jp/dpex/

いずれも撮影画像のみの回転で、サムネイルは回転されません。