Ｄ２Ｈを使ってますが、初トラブルです。
レンズを付け替えたとたん、オートフォーカスが動かなくなりました。
電源のＯＮ、ＯＦＦでなおらず、「こりゃＦ１００と同じかな」と思って、バッテリーを
一度ぬいてさしなおし、スイッチＯＮでなおりました。
Ｆ１００の場合の現象は違いますが、やはりバッテリーの取り外しでなおります。
たぶん、Ｏ／Ｓとかプログラム上のフリーズ現象なんでしょうね。
もし同じ現象に遭遇したら、あわてずこの方法試してみるといいかもしれないです。

弁天様、情報ありがとうございます。
私はまだ、F100でもD2Hでも同様のトラブルは発生していませんが、
もし発生した場合も冷静に対処できそうです m(_ _)m

僕も以前に５０mmでありましたね、その時はレンズを再装着したら直ったので
単なる接触不良だったのかなと。

その50ｍｍは1.8Ｄでしょうか？

1.4Dです、DC105mmでも一度ありましたがやはり何度か装着しなおすことで
作動しました。主にDタイプレンズと起きるような。

　わたしもあります。

　D100、D2Hで、AF35mmF2D、AF50mmF1.8D、AF85mmF1.8D、
SIGMA 24mmF1.8、使用頻度は大変低いですが、タムロンの
28-75/F2.8(A09)、シグマの18-50/F3.5-5.6でも起きまし
た。全部ボティ内モータによるレンズのピント駆動するも
のばかりです。

　どれも、だめな時はボディ側モータとの接続が上手くい
ってないみたいで、２、３回レリーズを半押しするとカチッ
と音がしてギアが噛み合ったような音がして、大抵正常に
復帰しましたが、それでもダメなときは、えるふさんと同
じくレンズの再装着を行って100%解決しました。

　レンズを短時間でとっかえひっかえしているので、装着が
甘い時があるのかなぁ程度で、本体側のトラブルとは考えて
ません。

　ただ、再装着までいくような率が高いのはSIGMAの24mmく
らいで（今日も２回ほどなった）、純正ニッコールでは、
そこまでなったことないです。

私とほぼ同じような症状ですね。この症状になったときレンズ取り外しボタンを良く見て、レンズを左右に動かす動作をしてみてください。レンズ取り外しボタンがカチッと元に戻る音（動作）がすると思います。

レンズ取り外しボタンが完全に元に戻らないためのAF不良になっているんだと思います。

いまは修理して完璧に動いているようです。

やっぱりあるんですね。
私の場合は、24〜85Ｆ3.5Ｇからシグマの50〜500Ｆ6.3に交換した時でしたが、
レンズの付け直しではなおりませんでした。
Ｆ100の時は、露出値がメチャふらついて接点の接触不良のような感じでした。
こうなるとシャッターがきれません。
最終的にはスイッチＯＮのままバッチリーをぬくとなおるという現象です。
接点不良と二種類くらいの不具合がありそうですね。

私もＤ２Ｈ買って２週間くらいでVR24-120で経験しましたが，レンズを再度つけなおすと正常になりました．それ以降レンズ交換時はかならず電源OFFでレンズ交換をゆっくり確実に行うようにしていますが，エラーの再現はないので気にしてませんでした．

接点の接触不良からプログラムにエラーがでるのでしょうか？
ニコンからの説明が欲しいところですが，だれか本当の原因を知っている方はいませんか？

取説P24にレンズ取り付け時、電源スイッチはOFFにすると書いてありますよ。

D1系には明確に書いてなかったように思いますが、D1じゃ電源オンでも支障がなかったですからね。D2Hは必ず電源はOFFにしてからレンズ交換をしましょう。

デジ一眼に限らず最近の一眼レフはボディ←→レンズ間で電気的な通信をしているものがほとんどですし、電源OFF状態でのレンズ交換が無難でしょうね。
私の場合、きちんとロックされなかったのか、レンズ装着後にファインダー内のＦ値が表示されず、一旦レンズ取り外し→再装着で直った経験があります。

レンズ取り外しボタンを押すとボディ←→レンズ間の回路を遮断してくれるような安全装置があれば良いのでしょうが、そこまではやってくれませんよね。（ボディの電源切れば済む話だし・・・）

たぶん、トラブルではないと思いますよ？
レンズを装着したあとAFが動作しない場合は、キチンとロックされているかレンズを回してみて下さい。
ちゃんと装着されると「カチッ！」という音がします。
接点が細かいので、キチンと接点が噛みあってないと反応してくれません。