はじめまして　ぱふぇと申しますよろしくお願いいたします。
さて　本日　みなさんに質問したいのは　
ニコンキャプチャーの挙動についてです。

起動させて　画像(NEF形式)を読み込ませると、
イメージエリア上では、色が薄くネガのような
感じででてしまいます。
サンプルの画像の左側はイメージエリア上の画像で、
右側は　実際の色です
このような事象が他の方でも起こっているのでしょうか
もしくは　仕様なのでしょうか

ちなみに環境は　PEN3　1.13GHz メモリは768MB　です

常識的に考えて仕様なわけありません。

赤が青になることはありませんし、そういうことはまずありえません。
モニターの色合わせが有る程度できているのであれば
そうはならないです。
対処方法がわかればいいのですが、なったことが無いのでわかりません。
プロファイルの問題かな。
ウィンドウズは詳しくないしなあ。
お力になれず申し訳ないです。

Windows版のNC4.1を使っていますが、そのような現象はおきたことありません。
差し付けなければ、NEFのデータをお送りいただくことは可能ですか？
もしよろしければ、その旨この板に書いてください。FTPのIDをお送りしたいと思います。NEFだと10MBはあると思いますから、メールとかの添付ではだめでしょうから。

ネガなら、青じゃなく緑ですよね。それから、もっと暗くなるはずだよね。

たぶん、ディスプレイのカラープロファイルが設定されていないか、誤った設定になっている
ものと考えられます。
アプリケーションが表示に使っているウィンドウの外、壁紙が表示されているエリアで
右クリックすると、メニューが表示されます。
ここで、プロパティを選択すると、画面設定のダイアログが表示されます。
ここで設定タブをクリックし、詳細をクリックすると、さらにダイアログが開くので、
色の管理を選択して、規定のモニタプロファイルを確認してください。
この欄が空なら、追加をクリックして、モニタにあったプロファイルを選択してください。
これではわからない場合、モニタの種類等を書き込んでもう一度ご質問ください。

とりあえず　あじさんのおっしゃるとおり、モニターのプロファイルが変でした
それで　設定の方法があまりよくわからなかったので、　NIKON　CUPTURE　と同じ
プロファイル(SRGBプロファイル)を使用したところ　同じ色が出るようになりました
ありがとうございました