NC4.1.2を使うと、D100の非圧縮RAW形式のファイルをロスレス圧縮形式にできて
便利なのですが、これをバッチ処理で行うと圧縮はされているようなのですが、
サムネイルの大きさが1*1（つまり点）になってしまいます。
（画像情報は残っている。サムネイルがなくなるだけ）

ファイル->名前を付けて保存としてロスレス圧縮を選んだときは、
元の大きさのサムネイルがついた状態で保存されています。
また、NCのオプションで、「NEFファイル保存時にプレビューを作成」を
選んだ場合には、サムネイルが作成されるのですが、ファイルサイズも大きめになり
ロスレス圧縮のメリットが生かせません。
非同期保存ウィンドゥの使用／未使用も試しましたが状況は同じです。

こういうものでしょうか？
同じ現象を経験された方はいらっしゃいませんか？

ツール＞オプション＞非同期保存ウィンドウを使用する（バックグラウンドで保存）
のチェックをはずしても、ロスレス圧縮しないでしょうか。
ver.4.1.2では、この部分は改善されたと認識していたのですが、お試しください。

いえ、ロスレス圧縮はされているんですが、NEFについていたサムネイルが
なくなってしまうのです。非同期保存ウィンドウを使用するのチェックは
つけてもはずしても状況は同じです。

Champさんのおっしゃることが理解できなかったのですが、さきほど点になる現象が起きました。今ひとつどの条件で起きるか分かっていないのですが、これは仕様というよりBUGではないかと思います。
たぶんこのページはニコンの方もご覧になっていると思いますが、是非ともFIXをお願いいたします。