Epson の PM-970C を使用していますが、画像をプリントするときには、
たとえば NikonView から印刷するのと、プリンター付属のプリントツールを
使って印刷するのとでは、どちらが高画質、あるいはきれいなのでしょうか？
それとも、どちらからでも同じなのでしょうか。

ほかにも、上手な印刷方法とかあれば、どなたか教えてください。

実際に同じ写真を両方のソフトで印刷して、目の前に並べて比較してみれば答えは出ると思います。