D200の内蔵フラッシュはどうやって発光させるのでしょうか。

以下の状況は普通に考えてフラッシュが必要な暗さです。

手動でポップアップさせてもフラッシュに充電されません。
しばらくそのまま撮影を続けていると、忘れた頃（正確に計っていませんが、1分ぐらい）に発光します。
が、その1発目、発光はしていますが、写った画像は真っ暗です。よく見ると少し写っている。そのEXIFはフラッシュONになっていません。
次のシャッター（正確には計っていませんが、2〜5秒後ぐらいあと）はフラッシュ発光し、正常に明るく写ります。EXIFのフラッシュは発光になっています。

何か設定が有るのでしょうか。それともカメラの異常でしょうか？

通常のi-TTL発光ならメニューの「e3　内臓フラッシュ発光」のコマンドで
一番上の「TTLモード」でいいはずです。
もしかしたら、ここで「コマンダーモード」とか他の設定になっているかも？

でも…
というところから、これも違うかな…
となれば、素直にカスタマーサポートセンターに連絡入れるか、
ＳＣに持っていったほうが良いと思いますが。

きっと故障でしょうね。
メーカーに見てもらってくださいな。

短いレスで済みません。

レスありがとうございます。

メーカーに見てもらいます。