たしかにレンズに傷がない方が売り値では優位ですが、
保護フィルターがないと前玉が傷だらけになるような使い方だと
鏡筒本体にも相応の傷が付いている可能性もあり、そっちで査定が
下がるような気もしますし、保護フィルターの価格も72mmや77mmに
なると結構な金額になり、売り値の差額と比べると微妙になりそうです。
（万が一レンズに傷がついても修理代は思った程高価ではないです）

保護フィルターは、埃の多い場所や湿度の高い場所、雨天時など
環境があまり良くない時や子どもや動物をアップで撮るのでレンズ面を
触られたり体液が付く危険が大きい時など、限定的な使用で問題ない、
むしろ、描写性能を重視するなら「描写上必要のない光学付加物」は
なるべく使わない方がいいとも言えます。

私は普段使いのVR18-200mmやDX12-24mmには保護フィルターを付けていますが
室内で使う時は、基本的にはレンズキャップと同時に保護フィルターも
外すようにしていますし、70-200mmや単焦点レンズには保護フィルターを
付けていません。（カメラバッグには入れており、必要な時にのみ使う）

それよりは剥き出しでキャップもなく、すぐに指紋の付くケータイの
カメラ部のレンズをなんとかしたいと思っています。
（ひと昔前の機種にはスライドバリアが付いていたのに・・・）