私も両方所有しておりました。70-200/2.8は売ってしまいましたが(^^;

手ブレ補正を作動させた時の音は、確かに70-200/2.8Gのほうが音は大きいです。
ガリガリと異音を発したり、補正の効きがおかしければ別ですが、正常範囲かと
思われます。

同じレンズでも、個体差があります。VR18-200を一時３本所有していましたが、
いずれもVRの作動音とAFの作動音には違いがありました。しかしいずれも問題なく、
元気に働いてくれておりました。