どの程度でピンぼけと判断されているのか、写真を見ないとなんともいえませんね

画素数が多いので同じピント精度でも、等倍表示すると
拡大している分D２００の方がシビアに判断されると思いますし
モニターいっぱいでも四つ切程度に引き伸ばしているのと同じですしね

もう一つの可能性として、D200のデフォルトのセッティングでは、
コントラストが弱く、明るいふんわりとした描写だと感じています
プリントは、硬調な仕上がりですし、店でUSMがかかりますので、そのせいもあるかも

同じ被写体をプリント同士で比較するか、定規などを用いてピント精度テストを
やられてみたらいかがでしょうか？