いろいろな原因がありますが、わかりやすい例としてボディ本体の精度ずれの場合のひとつをあげますね。
カメラのフォーカスモジュールとＣＣＤ受光面と距離が同じなら、フォーカスモジュールがピントを合わせた位置とＣＣＤ受光面とのピントは同じですが、フォーカスモジュールがずれていたなどでフォーカスモジュールとＣＣＤ受光面の距離がずれていた場合は、フォーカスモジュールでＡＦをあわせても、ＣＣＤ受光面ではピントがあわないことになります。すなわち撮れた写真は、ピントがずれるわけです。
なので、ＡＦはあわせたつもりなのでもちろんシャッターも切れます、が撮れた写真はピントがずれることになります。