↓を見てもらえれば、AFモジュールユニットの写真もあります。
http://www.nikon-image.com/jpn/enjoy/interview/works/2004/0403/index.htm

マウント部から入ってきた光は、大きいミラーの後ろにある小さいミラーで反射されてカメラ下部のAFモジュールに導かれます。
撮影時は、ミラーがUPして後方にあるCCDで撮影されますが、このAF時の距離とCCDとの距離がずれているとAFがずれることになります。
ミラーが斜めになってたり、AFユニットがずれていると合わなくなります。微小な位置関係ですよね。距離＝とは、絶対距離をさすのではなく、あくまで設計上のCCDとAFモジュールなどの位置関係のことです。

↓ニコンオートフォーカス原理
http://www.nikon.co.jp/main/jpn/profile/about/technology/nikon_technology/caf/index.htm

AFモジュールユニット＝＞測儀素子とコンデンサーレンズ、電子基板が一体となったユニットですん。
測儀素子＝＞ニコン一眼はCCDライン？センサー。クロスタイプなのでラインではないと思いますが開けて調べたわけではないので？です。カメラは高いから分解できないのぉ。カメラが壊れて捨てるような十数年後は、開けてるかも？。あは。