考えられる原因は・・・

プロテクトフィルターによごれや指紋がついている。

鳥の種類が変わってフォーカスが合いにくい模様・色・形状等になった。
（以前でも5枚に1枚しかピントが合わないということは、
そもそも鳥はAFが苦手なんでしょう。
視認性が良かったら鷹の餌になってしまうでしょうから、
もともと鳥は視認性が良くないようになっているんでしょう。）

レンズ、特にVR機構の経年変化で合わなくなった（つまり故障）

カメラのファームをバージョンアップしてAF性能が変わった。
（本来、良くなると思いますが、まれに相性の悪い被写体があるかも）