まず、実効F値というものを完全にわかっているのではないのですが、F値は適正露出となるシャッター速度を算出する要素と被写界深度を決定する要素の二つがあると自分では思っています。
実効F値というのは露出に対する指標であって、被写界深度についてはF2.8であれば露出倍数がいくら掛かろうともF2.8はF2.8の被写界深度しか得られず、実効F値としてF5.6が表示されたとしてもその深度は得られないと思うのですが、正しいでしょうか？

私の考えが正しいとすれば、露出の失敗も大きな問題ですが、作画においては実際に絞り込まれる量(＝被写界深度)に関する情報も大きな問題です。
私はSIGMAのマクロレンズを使用していますが、F値の表示は最短撮影でも無限遠でもF2.8の開放値は変化しません。
内蔵露出計を使用していますので、どれぐらい暗くなるかは気にする必要もありませんし、どれだけ絞るかを決める上でも表示F値をどうするかで何段絞ったかを露出倍数を気にすることなくイメージできます。

友人のトキナー100mmマクロは使わせてもらったことがありますが、実効F値表示で一体どれぐらい絞り込まれるのかが分からず面食らいました。

どちらを表示するかは外部露出計を使う方なら実効F値の方が露出の失敗(より大きな失敗ですね)を防げて良いのでしょうが、実効F値など気にする必要が無いユーザーには混乱の元に過ぎません。

一長一短あると思いますが、どちらか一つならば、今の時代内蔵露出計を使わないで外部露出計を使うというのは一部の上級者だけですから、絞り量をイメージしやすい「名目」F値を表示する方が理に適っていると思います。