決まりがあるのかどうかは知りませんが、
私の場合は臨機応変で上にも下にもしてます(^_^;
レンズによっても変わりますし。。
前玉が重いタイプは前玉を下にして置く場合が多いです（倒れやすいので）
長いレンズは横に置いたり。。　スペースに余裕が無いバック等では
上下交互にして干渉しないように工夫したり等々です。