個人的には、どっちを上にするかはあんまり気にしませんね。
たしかにマウントを下にするほうがレンズには良さそうだと思います。
でも、望遠レンズの安定性ならマウントを上にした方がいいですね。
転倒対策なら、合板にリアキャップが丁度入る穴を開けて嵌めるとか
10cm角くらいのアクリル板にリアキャップを接着するのはどう？

それよりもボディを携行するときにマウントを下になるようにして
センサー面に付いたゴミが移動の動きでわずかでも落ちるように
（ほとんど気休めかもしれないが）しています。