＞ メーカーとしてはやはり、マウント側を下向きにして置くことを想定しているんじゃないでしょうか。もちろん、超望遠のように長くて前玉の大きなレンズなどは例外だと思いますが。

そうでしょうね、Ｆマウントができた当時のニコンは、そう考えていたでしょう。
事実、ドライケースに保管しているMFレンズはのほとんどはマウントが下です。
（ED180mmF2.8Sはマウントを上にしていますが）
ニッコールだけでなく、中版のレンズもマウントを下に置いたモノが多いです。
（特に意識しているつもりはありませんでしたが、その方が安定しています）
AFになってF2.8など明るいレンズでフィルター径が77mmのモノはマウントを下に
すると視覚上の安定が悪く感じるのでマウントを上にしておいていますね。
あと　サンニッパ以上の望遠もマウントが上です。

そうそう、前玉繰り出し式のレンズは収納時は必ず無限遠にするクセは付けてます。