相性の問題は、あり得ると思います。
ただ、ＡＦではピントを合わせたいところとＡＦポイントが一致しないことが多いので、
Ｆ１．２で開放で『ジャストピント』を得たい場合は、
機材の性格と性能の限界として、
どうしてもマニュアルフォーカスに頼るしかない場面はあると思います。

　また雑誌のカメラレポートの中のレンズの項を見ていると、
大抵のレンズのピントは開放での合焦範囲のギリギリ際か、
時には飛び出していることが判ると思います。
Ｆ１００で大抵ピントが開放でも合っていたのだとしたら、
それはカメラとレンズの相性が良かったということでしょう。

　ムーミンパパさんの仰るＵＳＭとは、
『アンシャープマスク』のことで、テレビの輪郭補強に該ります。
フィルムにもそういう効果があると言われていますが、
一般にデジカメでは（特にコンパクトデジカメ）、
それがデフォルトで強い効果として施されています。
　Ｄ２００では、直線の被写体にはそれが強い眼に利いているのですが、
木の葉っぱとか草の遠景とか、曖昧な線に対してはとても弱くしか利いていません。
その結果として、建物にはピントが合っているように見えるのに、
同じ距離にある樹木はピントが合っていないように見えることは、
充分にあり得ます。
　そういう意味では、写っている被写体のどこでピントを読むかで、
Ｄ２００が一方的に振りになる場合もあるということですね。

　また、ピントは被写体の鮮鋭さで見るのではなく、
前後のピントのシャープさの変動で読むようにすると、正確なピント位置が判ります。
蝶勺さんの基準ではどこにもピントが合っていないように見えても、
良く見るとピントを合わせた筈のところが一番像がはっきりしているかもしれません。

　あと、トーンカーブを変えると同じ物が同じように写っていても、
ピントが合ったりぼけたりして感じることもあります。
たまたま蝶勺さんの撮られる被写体に於いて、
ピントの合っている領域がコントラストが低いところに当っている可能性も、
無いではありません。
　ご自身でトーンカーブをグネグネいじくってみると、ご理解頂き易いかと。

　以上書いて来ましたが、勿論ただ単にＤ２００とレンズの相性が、
悪かっただけの可能性も大いにあり得ます（大汗）。